Comparación de métodos fenotípico y genotípico en la detección de Staphylococcus aureus meticilino resistente en centros hospitalarios de Pereira / Comparison between phenotype and genotype methods in the detection of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in Center Hospital of Pereira

Resumen Introducción: Staphylococcus aureus es un importante patógeno, puede causar infecciones leves de piel, hasta enfermedades con compromiso vital. La aparición de Staphylococcus aureus meticilino-resistentes, MRSA; ha aumentado su resistencia antimicrobiana, especialmente a β-lactámicos; dificultando el manejo de las infecciones, aumentando las tasas de morbi-mortalidad, convirtiéndose en un problema de salud pública. La expresión fenotípica de la resistencia suele ser heterogénea, dificultando su detección en el laboratorio por métodos convencionales; lo cual, incrementa los costos en la atención hospitalaria de infecciones por MRSA. Objetivo: Comparar métodos fenotípico y genotípico para la identificación de aislamientos hospitalarios de MRSA en centros hospitalarios de Pereira. Métodos: A partir de aislamientos de S. aureus obtenidos de tres instituciones de salud de alta complejidad clasificadas como A, B y C; se determinó la resistencia a meticilina por concentración mínima inhibitoria en sistemas automatizados y el gen mecA por PCR múltiple. Resultados: La prevalencia fenotípica de MRSA fue 44,4%, la institución A presentó la mayor tasa con 48,65%. La prevalencia genotípica fue 57,4%; en las instituciones A, B y C fue 55,2%, 41,7% y 75%, respectivamente, con diferencia estadísticamente significativa (p<0.05). La sensibilidad y especificidad del método fenotípico fue 99,0% y 94,7%, respectivamente, frente al método gold estándar de la PCR. El índice Kappa fue 0,942 indicando un nivel de concordancia muy bueno entre métodos. Conclusión: La prevalencia de aislamientos MRSA en las instituciones de Pereira fue alta. Los índices de concordancia de los métodos fenotípicos demostraron que son confiables para el diagnóstico de infecciones por MRSA.

Abstract Introduction: Staphylococcus aureus is an important pathogen, can cause mild skin infections, to diseases with compromise vital. The appearance of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus MRSA; It has increased its antimicrobial resistance, especially to β-lactam; hampering the handling of them infections, increasing the rates of morbidity-mortality, becoming a health public problem. The phenotype expression of the resistance tend to be heterogeneous, hindering its detection in the laboratory by conventional methods; which increases costs in the hospital care of MRSA infections. Objective: To compare the phenotypes and genotypes methods for identification of hospital isolates MRSA in Pereira. Methods: From isolates of S. aureus obtained of three high complexity institutions of health classified as A, B and C; determined resistance to Methicillin by minimum inhibitory concentration in automated systems and mecA gene by multiplex PCR. Results: The phenotype prevalence of MRSA was 44.4%, the institution A presented the highest rate with 48.65%. The genotype prevalence was 57.4%; in the institutions A, B and C was 55.2%, 41.7% and 75%, respectively, with difference statistically significant (p < 0.05). The sensitivity and specificity of the phenotype method were 99.0% and 94.7%, respectively, against the gold standard of the PCR method. The Kappa index was 0,942 indicating a very good level of concordance between methods. Conclusion: The prevalence of isolates MRSA in the institutions of Pereira was high. The concordance index of phenotype methods showed that they are reliable for the diagnosis of MRSA infections.

Detección y expresión de superantígenos y de resistencia antimicrobiana en aislamientos obtenidos de mujeres portadoras de Staphylococcus aureus que cuidan y alimentan niños / Detection and expression of superantigens and resistance in isolates from women carriers of Staphylococcus aureus who take care of and feed children

Resumen Introducción. Staphylococcus aureus coloniza mucosas y piel, y causa graves infecciones en el hombre y los animales. Es importante establecer el estatus de portadoras de cepas enterotoxigénicas de este microorganismo en manipuladoras de alimentos, con el fin de prevenir intoxicaciones alimentarias. Objetivo. Establecer las correlaciones entre los genes de enterotoxinas clásicas, el gen tsst-1, la producción de toxinas en cultivo y la resistencia antimicrobiana en aislamientos de S. aureus provenientes de manipuladoras de alimentos que cuidan niños en sus comunidades. Materiales y métodos. Se cultivaron muestras de las fosas nasales y las yemas de los dedos de las manos, y se identificó S. aureus empleando las pruebas de rutina y métodos automatizados. La extracción de ADN se hizo mediante el método de bromuro de cetil-trimetil-amonio (Cetyl-Trimethyl- Ammonium Bromide, CTAB) modificado. Para la detección de superantígenos se emplearon pruebas de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) simple y múltiple, y para la de toxinas, estuches comerciales. Resultados. Se encontró que el 22,0 % de los aislamientos correspondía a portadoras de S. aureus: 17,0 % en los aislamientos de fosas nasales; 5,0 % en los de las manos y 6,7 % simultáneamente en los dos sitios. La prevalencia de superantígenos fue de 73,7 %. El genotipo más frecuente fue el sea-tsst-1, con 10,0 %. La resistencia a un solo antibiótico fue de 74,7 % y, a cuatro antibióticos, de 3,2 %; de los aislamientos, el 93,7 % correspondía a cepas productoras de betalactamasas. La detección de genes clásicos y de tsst-1 mediante PCR fue de 48,4 % y la de toxinas en el sobrenadante, de 42,1 %, con una correlación de 95,7 %. Las mayores correlaciones se establecieron entre las toxinas TSST-1 (22/22) y SEA (17/18). La correlación del gen tsst-1 con la proteína y la resistencia fue de 100 %. Todos los aislamientos con el genotipo sea-tsst-1 t fueron resistentes y productores de las toxinas. Conclusión. La tasa de aislamientos de S. aureus toxigénicos y resistentes obtenidos de mujeres que cuidan y preparan alimentos para niños fue de más de 70 %, lo que demostró su gran virulencia y la consecuente necesidad de aplicar estrictamente las normas higiénicas y sanitarias vigentes para evitar el riesgo de intoxicación alimentaria.

Abstract Introduction: Staphylococcus aureus colonizes mucous membranes and skin causing severe infections in humans and animals. It is important to determine carrier status of enterotoxigenic strains of this microorganism in food handlers to prevent food poisoning. Objective: To establish the correlations among classic enterotoxigenic genes, tsst-1 gene, the production of toxins in cultures and antimicrobial resistance in S. aureus isolates from women who handle the food, feed and take care of children in their communities. Materials and methods: Nasal swab and finger samples were cultured and S. aureus was identified using routine methods and automated systems. DNA extraction was done by the CTAB modified method, and superantigen detection by simple and multiplex PCR, while toxins were detected using commercial kits. Results: We found that 22.0% of subjects were S. aureus carriers: 17.0% corresponded to nose samples, 5.0% to hands and 6.7% to both nose and hands. The prevalence of superantigens was 73.7%. The most frequent genotype was sea-tsst-1 with 10%. Resistance to one antibiotic was 74.7%, and to four antibiotics, 3.2%; 93.7% of the isolates were betalactamase-positive. Classical genes and tsst-1 gene were detected by PCR in 48.4% of samples and toxins in supernatant were detected in 42.1% of them with 95.7% of correlation.The highest correlations were established for TSST-1 and SEA with 100% and 94.4%, respectively. The correlation of tsst-1 gene with toxin production and resistance was 100%. All isolates with genotype sea-tsst-1 were toxin-positive and resistant. Conclusion: The rate of toxigenic and resistant S. aureus isolates from women in charge of feeding and taking care of children was higher than 70%, which demonstrates its high virulence. This requires the strict application of hygienic and sanitary regulations in order to avoid the risk of food poisoning.

Relationship between super antigenicity, antimicrobial resistance and origin of Staphylococcus aureus isolated / Relación entre superantigenicidad, resistencia antimicrobiana y origen de aislamientos de Staphylococcus aureus

Introduction: Staphylococcus aureus is a pathogen that causes food poisoning as well as hospital and community acquired infections. Objective: Establish the profile of superantigen genes among hospital isolates in relation to clinical specimen type, susceptibility to antibiotics and hospital or community acquisition. Methods: Eighty one isolates obtained from patients at Colombian hospital, were classified by antimicrobial susceptibility, specimen type and hospital or community acquired. The PCR uniplex and multiplex was used for detection of 22 superantigen genes (18 enterotoxins, tsst-1 and three exfoliative toxins). Results: Ninety five point one percent of isolates harbored one or more of the genes with an average of 5.6 genes. Prevalence of individual genes was variable and the most prevalent was seg (51.9%). Thirty nine genotypes were obtained, and the genotype gimnou (complete egc cluster) was the most prevalent alone (16.0%) and in association with other genes (13.6%). The correlation between presence of superantigens and clinical specimen or antimicrobial susceptibility showed no significant difference. But there was significant difference between presence of superantigens and the origin of the isolates, hospital or community acquired (p= 0.049). Conclusions: The results show the variability of the superantigen genes profile in hospital isolates and shows no conclusive relationship with the clinical sample type and antimicrobial susceptibility, but there was correlation with community and hospital isolates. The analysis of the interplay between virulence, epidemic and antibiotic resistance of bacterial populations is needed to predict the future of infectious diseases.

Introducción: Staphylococcus aureus, es un patógeno que causa intoxicación alimentaria e infecciones hospitalarias y comunitarias. Objetivo: Establecer el perfil de genes de superantígenos en aislamientos hospitalarios correlacionándolos con el tipo de muestra clínica, susceptibilidad antimicrobiana y origen hospitalario o comunitario. Métodos: Se analizaron 81 aislamientos de S. aureus de pacientes de un hospital colombiano. Fueron clasificadas por susceptibilidad antimicrobiana, tipo de muestra clínica y origen hospitalario o comunitario. Se detectó por PCR individual y múltiple 22 genes de superantígenos (18 enterotoxinas, una toxina del choque tóxico-1 y tres toxinas exfoliativas). Resultados: El 95.1% albergaban uno o más genes de superantígenos con un promedio de 5.6 genes. La prevalencia individual fue variable y el gen con mayor prevalencia fue seg (51.9%). Se obtuvieron 39 genotipos, y el genotipo gimnou (cluster egc completo) fue el de mayor frecuencia (16.0%) y asociado con otros genes (13.6%). La correlación de superantígenos frente a tipo de muestra clínica y susceptibilidad antimicrobiana no mostró diferencia estadística significativa, pero hubo diferencia significativa con el tipo de aislamiento hospitalario o comunitario (p= 0.049). Conclusiones: Los resultados muestran la diversidad genética en los aislados hospitalarios respecto a la presencia de superantígenos y no muestra una relación concluyente con el tipo de muestra clínica y susceptibilidad antimicrobiana pero sí con origen de los aislamientos comunitarios y hospitalarios. Un análisis de la interrelación entre la virulencia, epidemicidad y resistencia antimicrobiana de las poblaciones bacterianas es necesario para predecir el futuro de las enfermedades infecciosas.

Correlación entre la detección de superantígenos y resistencia a oxacilina en aislamientos hospitalarios de Staphylococcus aureus / Correlation between detection of superantigens and oxacillin resistance of Staphylococcus aureus in hospital isolates

Objetivo: Establecer la correlacion entre la deteccion de superantigenos (MSSA) y la susceptibilidad a oxacilina de Staphylococcus aureus (MRSA) en aislamientos hospitalarios. Materiales y métodos: En 81 aislamientos de Staphylococcus aureus de origen hospitalario, la susceptibilidad a oxacilina se establecio por un sistema automatizado y la deteccion de 22 genes de superantigenos fue realizada mediante PCR individual y multiple. Resultados: La MRSA fue del 38,3%. Todos los aislamientos MRSA portaban uno o mas genes de superantigenos; y el 92% de MSSA. El numero de genotipos fue variable, pero un hallazgo relevante fue que el cluster egc solo fue detectado en MRSA (48,4%). Los genes no clasicos mas detectados en MRSA fueron sem (53,1%) y seg (28,4%); y sem (37%) y seq (30,9%) para MSSA. El gen sec clasico (13,6%) fue mas prevalente en MSSA, y en MRSA, los clasicos fueron de muy baja frecuencia. Para todos los genes, los genes seg , sej , sen , seo y seq mostraron diferencias estadisticamente significativas entre los aislamientos MRSA y MSSA. Conclusión: Este estudio no permitio sacar conclusiones concluyentes para establecer la relacion entre la deteccion de superantigenos y la susceptibilidad a oxacilina (MRSA vs. MSSA). Aunque, el numero de genotipos fue variable, la presencia del cluster egc solamente en aislamientos MRSA es un hallazgo interesante, y en posteriores estudios se podria determinar la importancia del cluster egc.

Objective: To establish the relationship between the detection of superantigens (MSSA) and Staphylococcus aureus resistance to oxacillin in hospital isolates. Material and methods: In 81 isolates of Staphylococcus aureus of hospital origin, an oxacillin susceptibility test was performed by an automated system and 22 superantigenic genes were obtained using single and multiplex PCR. Results: The MRSA was 38.3%. All MRSA isolates carried one or more genes for superantigens and 92.0% of MSSA. The numbers of genotypes for the 2 groups were variable, but the most important finding was that the egc cluster was detected only in MRSA (48.4%). The non-classic genes more often detected in MRSA were sem (53.1%) and seg (28.4%); in MSSA they were sem (37.0%) and seq (30.9%). The gen classic sec (13.6%) was more prevalent in MSSA and in MRSA; the classic genes were very low in frequency. For all genes, the genes: seg , sej , sen , seo and seq showed statistically significant differences between MRSA and MSSA isolates. Conclusion: This study did not reveal a clear relationship between the detection of superantigens and oxacillin susceptibility (MRSA vs. MSSA). Although the number of genotypes varied, the presence of egc cluster only in the MRSA isolate was an important finding. Further studies are needed to establish the importance of the egc cluster.

Carcinogénesis inducida por el virus del papiloma humano / Human papiloma virus-induced carcinogenesis

Introducción: la carcinogénesis es el proceso por el cual una célula normal setransforma en una célula cancerígena e involucra múltiples pasos, los cualesreflejan las alteraciones genéticas que conducen a la transformación progresiva del tejido normal hacia estados malignos. Los virus se han asociado con el desarrollo de cáncer, tanto en animales como en humanos, y dentro de estos se encuentra el Virus del Papiloma Humano (VPH), relacionado con el desarrollo del cáncercervical, considerado el segundo tipo de cáncer en mujeres a nivel mundial. Enesta revisión se describen los eventos responsables de la carcinogénesis inducida por el Virus del Papiloma Humano.Métodos: se realizó una búsqueda sistemática de la literatura en la base de datos Medline.Resultados: en esta revisión se discute la relación infección y cáncer, con énfasis en el proceso de carcinogénesis cervical inducido por el VPH y las moléculas involucradas en el mismo.Conclusiones: las oncoproteínas E6 y E7 son primordiales en el proceso detransformación maligna inducida por el VPH e involucran muchos otros factorescomo la interacción de dichas proteínas con factores reguladores del ciclocelular.

Evaluación de diferentes pruebas para el diagnóstico de H. pylori / Evaluation of different tests to diagnose H. pylori

Introducción: todos los métodos disponibles para el diagnóstico de H. pylori tienen diferencias en su sensibilidad y especificidad. El propósito de este estudio es determinar el índice de desempeño, sensibilidad, especificidad y valores predictivos de cuatro métodos invasivos, teniendo como técnica de referencia la definición de caso: cultivo positivo o la concordancia de por lo menos dos procesos de diagnósticos positivos. Metodología: a setenta y dos pacientes se les tomaron cinco biopsias distribuidas para PCR-ureC, cultivo, prueba rápida de ureasa (PRU) y examen histológico (EH). Resultados: los índices de desempeño (ID), sensibilidad, especificidad y valores predictivos mostraron diferencias. La pareja EH-PCR tuvo eficacia considerable por presentar los mayores valores en los índices analizados. La prevalencia de lainfección fue de 86.1%. Conclusión: para establecer el verdadero estatus de la infección por H. pylori, se debe utilizar el criterio de definición de caso.

Introduction: all of the available tests for the diagnosis of H. pylori have differencesin their sensibility and specificity. The purpose of this study is to determine thedevelopmental index, sensibility, specificity and predictable values of four invasive methods, using the case definition as a referential technique; positive culture o concordance of at least two processes of positive diagnostics.Methods: five biopsies were taken among seventy two patients, distributed for PCR-ureC, culture, quick ureic test (PRU) and histological examination (EH).Results: the developmental index (ID), sensibility, specificity and predictivemeasures showed differences. The couple EH-PCF was considerably effective, presenting the greatest values of analyzed indexes. The prevalence of infection was of 86.1%. Conclusion: in order to establish the true status of the infection by H. pylori, it is necessary to use the criteria by case definition.